ذی قعدہ 311 ھ کو داعی اجل کو لبیک کہا:، اور اپنے گھر کے ایک کمرہ میں دفن کیے گئے، بعد میں پورا گھر مقبرہ میں تبدیل ہو گیا تھا، علامہ ابن جوزی نے 8 ذ وقعدہ اور ابواسحاق شیرازی نے 212 ھ سنہ وفات بتایا ہے، ایک شاعر کے مرثیہ کے دو شعر یہ ہیں:
«يَابنَ إِسْحَاقَ قَدْ مَضَيْتَ حَدِيدًا قفى قَبْرَكَ السَّحَابُ الهَمُّون مَا تَوَلَّيْتَ لَا بَلِ الْعِلْمُ وَلى مَا دَفَنَاكَ بَلْ هُوَ المَدْعُون»
۔ ترجمہ: ”اے ابن الحق آپ کی زندگی نہایت ناقابل ستائش تھی، آپ کی قبر کو ہمیشہ برسنے والے بادل سیراب کرتے رہیں، آپ دنیا سے رخصت نہیں بلکہ علم رخصت ہو گیا، ہم نے آپ کے بجائے علم کو دفن کیا ہے۔“