ابن خزیمہ نامور مصنف بھی تھے، ان کی تصنیفات کی تعداد حاکم نے 140 سے زیادہ بتائی ہے، انکے علاوہ ان کے مسائل کا مجموعہ بھی سو جزوں کے بقدر تھا، ابن کثیر کا بیان ہے: ”فكتب الكثير وصنف وجمع“ یعنی بے شمار کتابیں تصنیف کیں، ابن خزیمہ تصنیف شروع کرنے سے قبل استخارہ کی نماز پڑھتے تھے، اگر استخارہ نکل آتا تھا تب تصنیف کی ابتداء کرتے تھے، جن کتابوں کے نام معلوم ہو سکے ہیں وہ حسب ذیل ہیں۔